Faculty of Natural Sciences ledes af dekanen, som også er medlem af universitetsledelsen. Dekanen har det faglige og økonomiske ansvar for fakultetet. Dekanatet består udover dekanen af tre prodekaner og udgør fakultetets daglige ledelse.
Fakultetsledelsen består af dekanen, prodekanerne, lederne af fakultetets otte største enheder samt den administrative ledelse. Fakultetsledelsen træffer beslutninger om de overordnede linjer for fakultetet.
Studielederne forestår i samarbejde med studienævnene den praktiske tilrettelæggelse af uddannelserne.
Fakultetssekretariatet udfører strategiske analyser samt udviklings- og kvalitetsopgaver for dekanen og prodekanerne og understøtter ledelsen med sekretariatsbistand herunder presse og kommunikation.
Administrationscentret understøtter institutterne ved Faculty of Natural Sciences og Faculty of Technical Sciences administrativt med opgaver inden for HR, bygningsservice, økonomi, IT, kommunikation og studieadministration.
