Forskningen ved Natural Sciences er forankret i syv institutter, ét institutlignende center og en række større forskningscentre. Forskningscentrene inkluderer tværfaglige tematiske centre, højt specialiserede grundforskningscentre støttet af Danmarks Grundforskningsfond, store forskningscentre finansieret af blandt andre Novo Nordisk Fonden og Villum Fonden samt tværfaglige centre og centre på tværs af fakulteter.