• Center for Complex Quantum Systems (CCQ)
• Stellar Astrophysics Centre (SAC)
• Center for Kvantegeometri af Modulirum (QGM) - oprettet i 2009
• Center for Massive Data Algoritmer (MADALGO)- oprettet i 2007
• Center for DNA Nanoteknologi (CDNA) - oprettet i 2007
• Center for Kulhydratgenkendelse og -signalering (CARB) - oprettet i 2007
• Centre for Membrane Pumps in Cells and Disease (PUMPKIN) - oprettet i 2007
• Center for Uopløselige Proteinstrukturer (INSPIN) - oprettet i 2005
• Center for Geomikrobiologi - oprettet i 2007
• Center for mRNP Biogenese og Metabolisme - oprettet i 2005
• Center for Oxygenmikroskopi og Billeddannelse (COMI) - oprettet i 2005
• Vand og Salt Center - oprettet i 2001
• Center for Katalyse - oprettet i 1997/1998
• Center for Matematik, Fysik og Stokastik (MaPhySto) - oprettet i 1997/1998
• Center for Atomfysik (ACAP) - oprettet i 1993/1994
• Center for Teoretisk Datalogi (BRICS)  - oprettet i 1993/1994